ترکیب هیأت امنای موسسه:
رئیس هیأت مدیره گروه مپنا
 مدیر عامل گروه مپنا *
 معاون تحقیق و توسعه گروه مپنا
 مدیرعامل بخش مهندسی و تولید گروه مپنا
 مدیرعامل شرکت مهندسی و ساخت توربین مپنا
 مدیرعامل شرکت مهندسی و ساخت پره توربین مپنا
 مدیرعامل شرکت مهندسی و ساخت ژنراتور مپنا
 مدیرعامل شرکت مهندسی و ساخت بویلر مپنا
 رئیس پردیس دانشکده های فنی
 معاون پژوهشی پردیس دانشکده های فنی
 معاون آموزشی و تحصیلات تکمیلی پردیس دانشکده های فنی
 رئیس دانشکده مهندسی مکانیک
 رئیس دانشکده مهندسی برق و کامپیوتر
 رئیس دانشکده مهندسی متالورژی و مواد
 رئیس موسسه **
 * در صورت یکسان بودن رئیس هیأت مدیره و مدیر عامل گروه مپنا، قائم مقام  مدیر عامل در ترکیب هیأت امنا حضور خواهد داشت.
 ** رئیس موسسه از بین اعضاء هیأت علمی پردیس دانشکده های فنی با پیشنهاد  مشترک رئیس پردیس دانشکده های فنی و رئیس هیأت مدیره گروه مپنا و با حکم  رئیس دانشگاه تهران منصوب می شود.
وظایف و اختیارات هیأت امنا
وظایف و اختیارات هیأت امنای موسسه با توجه به قوانین دانشگاه تهران  عبارتست از:
 تعیین و تصویب برنامه ها، راهبردها و خط مشی های موسسه
 تصویب طرح تشکیلاتی، نمودار سازمانی و شرح وظایف بخش های مختلف موسسه.
 تصویب بودجه های جاری و سرمایه ای و صورت حساب های مالی و ترازنامه سالانه  موسسه.
 تصویب آئین نامه ها و دستورالعمل های اداری، مالی و استخدامی موسسه در  چارچوب ضوابط و آیین نامه مالی معاملاتی دانشگاه تهران.
 تصویب تغییرات پیشنهادی در اساسنامه.
 اتخاذ تصمیم در مورد نحوه تأمین و جذب منابع مالی مورد نیاز موسسه.
 بستر سازی و آماده سازی زمینه برای تحقق همکاری های مشترک دانشگاه تهران و  گروه مپنا از طریق ارجاع طرح های پژوهشی کاربردی به موسسه.
 اتخاذ تصمیم درباره ی سایر موضوعاتی که با توجه به مقررات مرتبط در دستور  کار هیأت امنا قرار می گیرد.
کمیسیون دائمی هیأت امنا:
کمیسیون دائمی هیأت امنا با حضور افراد ذیل تشکیل می شود و وظایف آن  عبارتست از تهیه دستور جلسات هیأت امنا و بررسی و پیگیری موارد ارجاعی از  سوی هیأت امنا.
 معاون تحقیق و توسعه گروه مپنا
 دیرعامل بخش مهندسی و تولید گروه مپنا
 مدیرعامل شرکت مهندسی و ساخت توربین مپنا
 معاون پژوهشی پردیس دانشکده های فنی
 معاون آموزشی و تحصیلات تکمیلی پردیس دانشکده های فنی
 رئیس دانشکده مهندسی مکانیک
 رئیس موسسه